Муҳаммад Исмоилхон, аз фармондеҳои маъруфи ҷиҳодӣ дар замони Шӯравӣ ва муқовимат алайҳи Толибон дар охири солҳои 90-ум ва аз раҳбарони хезишҳои мардум дар Ҳирот, ба асорати Толибон афтодааст. Ӯ аз чанд ҳафта ба ин тараф раҳбарии хезишҳои мардумӣ дар Ҳиротро ба дӯш дошт ва алайҳи Толибон меҷангид. Шаҳри Ҳирот шоми 12-уми август ба чанги Толибон афтод.
Толибон ҳам дар як эъломия гуфтаанд, ки Муҳаммад Исмоилхон ва низ шуморе аз мақомоти вилояти Ҳирот, аз ҷумла волии он Абдусабур Қонеъ "таслим"-и онҳо шудаанд. Дар як наворе, ки дар шабакаҳои иҷтимоӣ нашр шуд, Исмоилхон дар иҳотаи Толибон дида мешавад. Аз ӯ хоста мешавад, ба онҳое, ки дар минтақаҳои дигар зидди Толибон меҷанганд, паём диҳад. Исмоилхон мегӯяд, хостори фазои сулҳ ва амн аст. Вай дар бораи чӣ гуна асир афтоданаш суҳбат кардан нахост.
Ин бори дувум аст, ки Муҳаммад Исмоилхон асири Толибон мешавад. Дар замони ҳукумати Толибон (1996-2001) ин фармондеҳи барҷастаи ҳавзаи ҷануб-ғарби Афғонистон, ба асорати Толибон афтода буд, аммо раҳо ёфт.
Ӯ пас аз сарнагунии ҳукумати Толибон чанд муддат вазири энержии Афғонистон буд. Муҳаммад Исмоилхон аз раҳбарони ҳизби Ҷамъияти исломии Афғонистон мебошад, ки асосан тоҷикони Афғонистонро муттаҳид мекунад. Дар давраи ҷанги Шӯравӣ ва Афғонистон дар солҳои 1979 то 1986 ӯ бо лақаби "Туран Исмоил" нерӯҳои шӯравиро ба ваҳшат меовард ва пирӯзии муҷоҳидинро дар ғарби Афғонистон таъмин карда буд.
